Từ trước tới nay, phương pháp khấu trừ thuế GTGT được áp dụng đối với cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hoá đơn, chứng từ và đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế; Các đối tượng khác thuộc diện phải nộp thuế theo phương pháp trực tiếp như: Cá nhân, hộ kinh doanh không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ; Tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh không theo Luật Đầu tư và các tổ chức khác không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ; Hoạt động kinh doanh mua bán, vàng, bạc, đá quý.

Tuy nhiên, kể từ ngày 1/1/2014 cơ sở kinh doanh ngoài việc phải đáp ứng đủ các điều kiện về chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ còn phải có doanh thu chịu thuế GTGT hàng năm từ bán HHDV từ một tỷ đồng trở lên. 

Doanh thu năm được xác định căn cứ vào tổng cộng chỉ tiêu “Tổng doanh thu của HHDV bán ra chịu thuế GTGT” trên Tờ khai thuế GTGT tháng của kỳ khai thuế từ tháng 12 năm trước đến hết tháng 11 năm hiện tại trước năm xác định phương pháp tính thuế GTGT hoặc trên Tờ khai thuế GTGT quý của các quý từ quý IV năm trước đến hết quý III năm hiện tại trước năm xác định phương pháp tính thuế GTGT. Phương pháp tính thuế được thực hiện ổn định trong chu kỳ 2 năm.

Ví dụ: Công ty A thành lập từ năm 2011 và hiện nay vẫn đang hoạt động. Để xác định phương pháp tính thuế GTGT cho năm 2014, Công ty A xác định mức doanh thu như sau:

Cộng chỉ tiêu “Tổng doanh thu của HHDV bán ra chịu thuế GTGT” trên Tờ khai thuế GTGT hàng tháng trong 12 tháng (từ tháng 12/2012 đến hết tháng 11/2013).

Trường hợp tổng doanh thu đạt trên 1 tỷ đồng, Công ty A được áp dụng phương pháp khấu trừ thuế trong 2 năm (năm 2014 và năm 2015).

Trường hợp tổng doanh thu chưa đến 1 tỷ đồng, Công ty A chuyển sang áp dụng phương pháp tính trực tiếp trong 2 năm (năm 2014 và năm 2015), trừ trường hợp Công ty A đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.

Trường hợp doanh nghiệp mới thành lập trong năm 2013, hoạt sản xuất kinh doanh chưa đủ 12 tháng thì xác định doanh thu ước tính của năm như sau: Tổng cộng chỉ tiêu “Tổng doanh thu của HHDV bán ra chịu thuế GTGT” trên Tờ khai thuế GTGT của các tháng hoạt động sản xuất kinh doanh chia số tháng hoạt động sản xuất kinh doanh và nhân với (x) 12 tháng. Trường hợp theo cách xác định như trên, doanh thu ước tính từ 1 tỷ đồng trở lên thì doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ thuế. Trường hợp doanh thu ước tính theo cách xác định trên chưa đến 1 tỷ đồng thì doanh nghiệp áp dụng phương pháp tính trực tiếp, trừ trường hợp doanh nghiệp tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.

Đối với doanh nghiệp tạm nghỉ kinh doanh trong cả năm thì xác định theo doanh thu của năm trước năm tạm nghỉ kinh doanh.

Đối với doanh nghiệp tạm nghỉ kinh doanh một thời gian trong năm thì xác định doanh thu theo số tháng, quý.

Trường hợp năm trước năm tạm nghỉ kinh doanh doanh nghiệp kinh doanh không đủ 12 tháng thì xác định doanh thu theo số tháng, quý.

Những doanh nghiệp, hợp tác xã, doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư, tổ chức khác có hoạt động kinh doanh hạch toán được thuế GTGT đầu vào, đầu ra nhưng không đạt “Ngưỡng doanh thu 1 tỷ đồng” nêu trên. Nếu muốn áp dụng theo phương pháp khấu trừ thuế thì cơ sở kinh doanh phải đăng ký tự nguyện và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, sổ sách, hoá đơn, chứng từ theo quy định.

Doanh nghiệp, hợp tác xã phải có đơn đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo thời gian qui định đề nghị áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.

Quy định về phương pháp tính thuế GTGT mới nêu trên nhằm khuyến khích các cơ sở kinh doanh tự nguyện thực hiện nghiêm chỉnh chế độ kế toán, hóa đơn chứng từ, hạch toán đầy đủ thuế GTGT đầu vào, đầu ra. Mặt khác còn giúp cơ quan thuế địa phương quản lý tốt đối tượng nộp thuế, tránh thất thu ngân sách nhà nước.

Theo gdt.gov.vn